في ليلة مظلمة، يتم مداهمة الشرطة اليابانية من قبل جاسوس. سيتم أخذ وكالات الاستخبارات في مختلف البلدان – مثل MI6 في إنجلترا، و BND الألماني، ووكالة المخابرات المركزية الأمريكية – بالإضافة إلى الملفات السرية لمكتب التحقيقات الفيدرالي، لكن ضباط السلامة العامة بقيادة تورو أمورو سيصلون في الوقت المناسب. الجاسوس يسرق سيارة ويهرب. يتم بعد ذلك حبس الجاسوس وأمورو في حرارة شديدة على الطريق السريع، وبينما هو على وشك التسبب في حادث بعدة سيارات، تصطدم سيارة الجاسوس برصاصة بندقية عميل مكتب التحقيقات الفيدرالي شويتشي أكاي وتسقط على الطريق.

يضع كايتو كد عينيه على لوحة لتباعات شمس بواسطة ڤان گوخ قد أعيد إظهارها للعلن مؤخرًا، وفجأة يظهر كايتو كد ليسرق اللوحة الفنية.

أثناء زيارة كلٍّ من كونان وران وسونوكو سوزوكي وفريق المتحرين الصغار برفقة الدكتور أغاسا لبُرج Bell Tree Tower ذو الـ635 مترًا الذي لم يُفتتح للجميع بعد، يقوم قناص مجهول فجأة بقتل أحد الرجال هناك من مسافة بعيدة نسبيًا. يُلاحق كونان وماسومي سيرا التي كانت موجودة هناك القناص بدراجتها النارية، ولكن الأمور تأخذ مُنحنًى عنيفًا بعد أن قام القناص بتفجير مجموعة من سيارات الشرطة. حتى الـمكتب التحقيقات الفدرالي تأخذ دورًا في المُطاردة.

تجري السفينة الحربية Aegis Destroyer تدريبات عامة في خليج مايزورو حيث تم رصد سفينة أجنبية مشبوهة مؤخرًا بالصدفة. يحصل كل من كونان إيدوغاوا وران موري وكوغورو موري وسونوكو سوزوكي وذا ديتيكتيف بويز على تذكرة لحضور هذا الحدث. ومع ذلك، بينما تجري العمليات العسكرية الجارية، يصادف أحد أفراد الطاقم الذراع اليسرى المقطوعة للملازم. اكتشف كونان لاحقًا أن جاسوسًا أجنبيًا ربما تسلل إلى السفينة الحربية للحصول على معلومات سرية بأي وسيلة ضرورية. في حالة تسرب المعلومات، سيتم الكشف عن خط الدفاع الياباني، مما يترك البلاد غير محمية من الهجوم العدائي.

في ملعب توتو، تجري مباراة كرة قدم في الدوري الياباني. خلال هذا، يتلقى المحقق كوجورو موري تهديدًا بوجود قنبلة من متصل مجهول ولغز غامض يشير إلى موقعه. يجب على Conan Edogawa الآن إنقاذ عشاق اللعبة قبل نفاد الوقت.

لقد حان اليوم التاريخي لافتتاح مترو أنفاق طوكيو الجديد، خط توتو، لكن حادث تفجير أوقف جميع الاحتفالات. وقع حاكم طوكيو في الانفجار أثناء وجوده على متن القطار، ولكن لحسن الحظ تم إنقاذه هو وجميع الحاضرين من خلال التفكير السريع والأفعال السريعة لكونان إيدوغاوا.

في إحدى الليالي، تعرض معهد طوكيو الوطني للكائنات الدقيقة للهجوم من قبل منظمة غامضة تطلق على نفسها اسم «القطط السيامية الحمراء». تتسبب المجموعة في انفجار مختبر شديد الحراسة يخزن فيروسًا – يُقال إن معدل الوفيات فيه يبلغ 80٪ دون علاج معروف. يهيمن هذا العمل الإرهابي على عناوين الأخبار، ويلقي بظلاله على الكشف عن أكبر منطاد في العالم تم تطويره تحت قيادة جيروكيشي سوزوكي. ومن الغريب أن كشف الستار يحتوي على ملاحظة مرفقة باسم كايتو «كايتو كيد» كوروبا، تتحداه لسرقة الجوهرة المعروضة – ليدي سكاي اللامعة.

يعيش كودو شينيتشي حياته في شخصية إيدوغاوا كونان، ولكن يبدو أن تلك الأيام قد تنتهي قريبًا جدًا. تقترب النقابة السوداء بشكل خطير من معرفة حقيقة نجاة شينيتشي. قد ينتهي الأمر بموت كونان وكل من حوله إذا لم ينجح في العثور على إيرلندي – عضو في المنظمة السوداء تسلل إلى قوات الشرطة، ويحقق حاليًا في قضية قتل متسلسل كبيرة.

حدثت جرائم قتل متسلسلة تشمل جميع الأنواع. جميع الضحايا من مدرسة الموسيقى التي يقودها عازف البيانو الشهير. تمت دعوة كونان وشركاه لحضور حفل افتتاح قاعة الموسيقى التي بناها عازف البيانو. أكبر عامل جذب لهذا الحفل هو الكمان الشهير عالميًا المسمى «Stradivarius» والمظهر الخاص للمغني الذي يتمتع بنبرة مثالية.

تعد التلال الفاتنة لجزيرة كومي واحدة من العديد من الأسباب التي تجعل السياح يزورون شواطئها – وهو سبب يأتي في المرتبة الثانية بعد الشعاب المرجانية ذات المناظر الخلابة وأسطورة آن بوني وماري ريد. المتحف الذي يضم السيف والمسدس لثنائي القراصنة الجريء يصنع العجائب لسياحة الجزيرة الصغيرة.

أحد المجرمين يقوم باستئجار توغو موري ليحل قضية محددة لم يذكر تفاصيلها ولكن طلب من موري أن يفعل ذلك عبر تلميحات خاصة! ولإجبار توغو على القيام بذلك قام هذا المجرم بإعطاء ران وباقي أصدقاء كونان ساعات تنفجر في حالة غادروا مدينة الألعاب, بطريقة ما يعرف هذا المجرم أن كونان هو سينشي ولكنه لم يره (كون عينيه مصابتان بالعمى).

داخل حجرات “الحرملك” في “إيدو”، تكشف وافدتان جديدتان عن مؤامرة سياسية وأجواء تنافسية وروح ساعية للانتقام لا يستطيع التغلب عليها سوى بائع أدوية متجول.

قبل خمسة عشر عامًا في منطقة قاحلة من المحيط الهادئ، اصطدمت سفينة سياحية بجبل جليدي وفقدت في البحر. بعد أكثر من عقد من الزمان، توفي هيديتو ياشيرو – مهندس سفن – في حادث سيارة مميت. العلاقة غير المتوقعة بين هذه الأحداث تظهر فقط على متن السفينة الفاخرة سانت أفروديت خلال رحلتها الأولى.

مرة أخرى، يتقاطع كايتو كيد مع كونان إيدوغاوا في هذا الجزء السنوي من سلسلة أفلام المحقق كونان. بعد تلقي رسالة من اللص، تطلب الممثلة الشهيرة جوري ماكي مساعدة المحقق الخاص كوجورو موري لحماية ستار سافير – «جوهرة القدر»، التي يُقال إنها تمثل الإيمان والمصير والأمل. ظنًا منه أنه قد حل لغز كيد، يظهر كوجورو شخصيًا في مسرح الفضاء الذي تم تشييده حديثًا حيث يمثل جوري في مسرحية «جوزفين» من أجل تصوير كيد في التمثيل.

يواجه حرملك “إيدو” أزمة جديدة، في ظل الخلافات العائلية والاضطرابات الداخلية والأحقاد العنيفة التي تتزامن مع عودة بائع الأدوية، مما يتسبب في ولادة روح مستعرة.